韦恩图，Venn diagram，常用图的一种，用来展示集合之间的特异性和共同性。现在有很多在线的网站都可以绘制，但是R来画也方便，其中ggvenn是基于ggplot2的专门绘制韦恩图的R包。
官方网站：https://github.com/yanlinlin82/ggvenn
ggvenn在CRAN上，直接用Install.packages就可以完成安装：
> install.packages("ggvenn")
> library(ggvenn)
ggvenn支持list和data.frame两种数据格式。这里以三个基因文件为例：
读取三个基因文件：
> set1<-read.csv("gene_a.csv")
> set2<-read.csv("gene_b.csv")
> set3<-read.csv("gene_c.csv")
提取每个文件的基因id，创建list：
> dat <- list( A = set1$gene_id, B = set2$gene_id, C = set3$gene_id)
绘图：
> ggvenn(dat)
绘制部分list：
> ggvenn(dat, c("A", "B"))
填充
边框
集合名
集合内文本
百分比
> ggvenn(dat,show_percentage = T,
stroke_color = "white",
stroke_size = 0.5,
fill_color = c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_color =c("#E41A1C","#1E90FF","#FF8C00"),
set_name_size = 15,text_size=6)
> A_B <- as.data.frame(intersect(set1$gene_id, set2$gene_id)) > write.csv(A_B,"A_B_common_gene.csv",row.names = F)
