兄弟MFC-6490CW外形呈倒梯形，机身采用了商务气息较为浓厚的黑白搭配，沉稳而富有张力。机器的边角全部采用了圆弧形设计，美观的同时还可以有效避免在使用中或者搬运时造成损伤，可谓是一举两得。该机540mm×488mm×323mm的体积和15.6kg的重量在喷墨一体机之中都稍显庞大，放在桌面上会占据了大量的空间。此外，由于双进纸盒的存在，ADF自动输稿器、控制面板以及出纸仓的高度仅占整个机身的二分之一。
兄弟MFC-6490CW的控制面板采用倾斜式设计，由一块3.3英寸触摸屏和按键组成。触摸屏支持大约30°的旋转，为用户的使用提供了方便;触摸屏的左边为数字按键，右侧为模式键和功能键。此外，在控制面板的左侧还配置了传真和电话键，而右侧则集成了启用、停止/退出键、节电模式键等。
双进纸盒是兄弟MFC-6490CW的一大特色，1号纸盒容量为150页，2号纸盒容量为250页，总纸张输入能力达到了400页，这个规格很多激光一体机或者打印机扩展后才可以达到。装入纸张的时候，需要将纸盒拉出。墨盒默认的纸张幅面为A4，所以装入A3纸张的时候需要将纸盒拉伸开。而兄弟MFC-6490CW的出纸托盘就是1号纸盘的顶盖，因此纸盒顶盖的空间很大，足够放置A4幅面或者A3幅面纸张。
在耗材方面，兄弟MFC-6490CW仍然采用四色墨盒分体式设计，用完一色换一色，有利于后期耗材的节省。墨盒仓门位于机身正面右侧，打开可看到四个墨盒，前置式墨盒设计使得更换墨盒更加方便。
