Cytospace(网络分析软件)

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Cytospace是一个用于复杂网络剖析的开源网络的软件，可协助用户集成，剖析和可视化数据，它支持多种网络描绘格式，也能够用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者应用软件自身的编辑器模块直接构建网络。

　　支持多种规范

　　Cytoscape支持很多规范的网络和注释文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 还支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您能够导入由其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件，如表达谱或GO注释。运用该功用，您能够加载和保管节点、边和网络上的恣意属性。例如，为您的蛋白质输入一组自定义注释术语，为您的蛋白质-蛋白质互相作用创立一组置信值。

　　公共数据库客户端

　　Cytoscape是作为一个网络效劳客户端工作的，这意味着Cytoscape能够直接衔接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape能够直接衔接到外部公共数据库，并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为抢手数据库开发新的效劳客户端。

　　互操作性

　　由于Cytoscape支持导入/导出规范文件格式，你能够很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如，假如你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据，Cytoscape 能够将该文件以文本表的方式加载，并以 PSI-MI 格式导出，供其他生物信息学工具或你本人的应用程序/脚本运用。

　　从 3.3 版本开端，Cytoscape 支持 RESTful API 的编程访问。你能够运用你选择的编程言语来访问Cytoscape的中心功用，如创立网络，应用规划，或图像导出。

　　会话文件

　　你能够经过一键保管你的工作。一切的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话（.cys）文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/躲藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化作风。

　　规划

　　在二维空间规划网络。 有多种规划算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机规划。您也能够运用相似于其他图形应用程序用户界面的手动规划工具。

　　图像导出

　　您能够将网络导出为可发布的高质量图像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量图像（PDF和PS）能够经过其他应用程序（如Adobe Illustrator）停止修正，以进一步加强。

　　VizMapper

　　运用强大的VisualStyles自定义网络数据显现。在网络上查看基因表达比和p值的叠加。 表达数据能够依据用户配置的颜色和可视化计划，映射到节点颜色、标签、边境厚度或边境颜色等。

　　挑选

　　过滤网络，以依据当前数据选择节点和/或互相作用的子集。 例如，用户能够依据基因表达数据加载的p值，选择参与交互的阈值数量的节点、共享特定GO注释的节点，或在一个或多个条件下基因表达程度发作显著变化的节点。您能够从过滤结果中创立新的网络。

　　检索

　　从搜索窗口搜索目的节点和边。Lucene语法支持恣意复杂的查询。

　　阅读

　　放大/减少战争移阅读网络。运用网络管理器能够轻松组织多个网络。而且这种构造能够保管在会话文件中。运用俯瞰图轻松阅读大型网络。经过高效的渲染引擎轻松阅读大型网络（100,000+节点和边）。

　　查找模块/集群

　　寻觅活泼的子网络/途径模块。依据基因表达数据对网络停止挑选，找出互相作用的衔接集，即互相作用子网络，其基因表现出特别高的差别表达程度。 每个子网络中包含的互相作用为控制察看到的表达变化的调控和信号传导互相作用提供了假定。在任何加载到Cytoscape中的网络中找到簇（高度互相衔接的区域）。依据网络的类型，簇的含义可能不同。例如，蛋白质-蛋白质互相作用网络中的簇已被证明是蛋白质复合物和途径的一局部。蛋白质类似性网络中的簇代表蛋白质家族。

　　应用管理器和应用商店

　　可用于网络和分子轮廓剖析的App。Cytoscape是一个用Java编写的软件，你能够经过编写Java代码来编写本人的App停止数据剖析、导入和可视化。更多的Apps能够在Cytoscape App Store中找到。你能够在App Manager中一键装置大局部Apps，或者直接从App Store中装置（这是Cytoscape 3的一个功用）。

更新日志

　　Cytoscape 3.8是Cytoscape桌面版，更新了用户界面和渲染引擎。

　　更快的渲染速度

　　进步了渲染性能，并优化了与大型网络的交互。Cytoscape如今为多达10,000个节点和3,000,000条边的网络提供了交互式用户体验。

　　新的面板选项

　　你的Cytoscape工作空间如今能够经过新的工作空间面板系统来定制你的可用屏幕空间。面板如今能够最小化，设置为浮动，或停靠在工作空间中。

　　自定义工具栏

　　您如今能够选择项目何时呈现在工具栏中，减少杂乱无章的状况，并让您快速访问最常用的工具。

　　更新的剖析器应用程序

　　网络剖析器的中心应用程序曾经重新设计。改良了用户界面，并增加了对Cytoscape自动化的支持，以便于从脚本和剖析工作流中访问。

　　标签重新定位工具

　　如今能够在网络视图中快速直观地定位标签。

　　CyBrowser JavaFX更新

　　CyBrowser，Cytoscape 的网页阅读器，曾经更新为运用 JavaFX 13。CyBrowser如今与现代网页和应用程序有更大的兼容性。

　　支持Java 11

　　Cytoscape与Java 11兼容，与最新的Java支持坚持分歧。Cytoscape 捆绑了一个 AdoptOpenjdk JVM。

　　CyNDEx-2更新

　　CyNDEx-2已更新为支持Swing用户界面，显著减少了启动时间并进步了稳定性。

　　CX支持更新

　　对CX数据交流格式的支持不时完善，促进了Cytoscape桌面和其他生态系统组件之间网络数据的牢靠传输。

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