上一章讲了meme的安装，本章进行使用的讲解，需要快捷食用本章节的请关注公众号：生物信息分析学习
meme的使用，网上有很多例子。
1. 网页版：快捷方便，一台电脑同时可以申请运行四个任务。
先进入网站：http://meme-suite.org/tools/streme
想用什么套件选什么，一目了然。
不懂可以参考手册：
这是上一章为什么一定想装streme的原因（因为meme只愿意支持50个sequences，虽然多少都能跑，但是好像不太对）。
streme提交的参数如下：
streme --verbosity 1 --oc . --dna --p cLN.bed_3.fa --minw 5 --maxw 30 --pvt 0.05 --dfile description --totallength 1e7 --time 18000只有minw和maxw是自己设置的，minw=5 因为我的文件最短的sequence是5（其实一般设置6或者8），maxw=30 因为网页版最大支持30.
命令行版本如下：
meme $1 -dna -oc . -nostatus -time 18000 -mod zoops -nmotifs 1000 -minw 5 -maxw 50 -objfun classic -revcomp -markov_order 0 -evt 0.05 -o $1.meme
其中$1为你的序列文件，注意不要出现ATCGN以外的字符（网页版的会报错，命令行的没有尝试）。
E-value设置为0.05以内，否则结果也不可信，还浪费时间。
=======================================================================================
现在看一下meme和streme的结果：
meme命令行的结果：
streme的网页版结果：
明显，meme的结果是异常的，同时我手动搜索过motif序列，meme中只有两个sites的motif，实际上存在于很多序列中。
