之前介绍过单个nii文件转换成png图像：
这里介绍将多个nii文件（保存在一个文件夹下）转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。
import numpy as np
import os #遍历文件夹
import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包
import imageio #转换成图像
def nii_to_image(niifile):
filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹
slice_trans = []
for f in filenames:
#开始读取nii文件
img_path = os.path.join(filepath, f)
img = nib.load(img_path) #读取nii
img_fdata = img.get_fdata()
fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后缀名
img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
#创建nii对应的图像的文件夹
if not os.path.exists(img_f_path):
os.mkdir(img_f_path) #新建文件夹
#开始转换为图像
(x,y,z) = img.shape
for i in range(z): #z是图像的序列
silce = img_fdata[i, :, :] #选择哪个方向的切片都可以
imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)
#保存图像
if __name__ == '__main__':
filepath = 'nii的文件夹'
imgfile = 'image的文件夹'
nii_to_image(filepath)
代码是我自己写的，用于处理ADNI的nii格式完全有效。
